A FAJOPA iniciou suas atividades no ano de 2003, após ter sido credenciada pela Portaria MEC 3.623, de 04/12/03. Os seus cursos – Bacharelados em Filosofia e Teologia – tiveram autorização para funcionamento por meio das Portarias MEC 3.624 e 3.625, respectivamente, de 04/12/03, fixando em 100 as vagas para cada curso, nos períodos diurno e noturno. Antes de se tornar uma Instituição oficial, os cursos de Filosofia e Teologia eram ministrados, respectivamente, no Seminário Provincial Sagrado Coração de Jesus (a partir de 1985), e no Instituto Teológico Rainha dos Apóstolos (a partir de 1983). Inicialmente, os cursos eram restritos a seminaristas, e posteriormente passaram a ser oferecidos também para leigos(as) e consagrados(as). Os cursos de Filosofia e Teologia e pelas dioceses que compõem a sub-região de Botucatu, exceto Ourinhos; são elas: Araçatuba, Assis, Bauru, Botucatu, Lins, Marília e Presidente Prudente. Em junho de 2002, essas dioceses passaram a integrar a Entidade Mantenedora – Associação Cultural e Educacional Interdiocesana – ACEI – mantenedora da Faculdade João Paulo II (FAJOPA), situada à Rua Bartolomeu de Gusmão, 531, Vila São Miguel, em Marília, SP. No ano de 2006, a FAJOPA passou por uma avaliação dos seus cursos. O Reconhecimento dos Cursos de Filosofia e Teologia - Bacharelado, foi oficializado por meio da Portaria MEC 481, de 16 de agosto de 2006. Em 2006 formou-se a primeira turma do Curso de Filosofia e, em 2007, a 1ª Turma de Teologia. Os Diplomas são registrados por uma universidade oficial, atualmente pela USP – Universidade de São Paulo. A Comissão do MEC que visitou a Instituição, quando do Reconhecimento dos Cursos, ofereceu várias contribuições. Internamente constituiu-se uma Comissão que trabalhou intensamente nas alterações e adaptações das estruturas curriculares dos dois cursos e adequou o Propósito Institucional. Dentro deste propósito de adequação, foi formada uma Comissão em 2009 para elaboração de documento autônomo do do PPI.