O Polo Embrapii IFSC (PEIFSC) está instalado no Câmpus Florianópolis. Criado em 2017, constitui-se em um polo de pesquisa e inovação em Sistemas Inteligentes de Energia, vinculado à Empresa Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial (Embrapii). Os polos da Embrapii atuam por meio da cooperação com instituições de pesquisa científica e tecnológica, públicas ou privadas, tendo como foco as demandas empresariais e o compartilhamento de risco na fase pré-competitiva da inovação.