O CAAF - Centro Acadêmico Alexander Fleming, é o centro acadêmico que representa a farmácia UNIFESP. É uma organização sem fins lucrativos composta apenas por estudantes da gradução e é responsável por divesas funções e atividades voltadas para propor um melhor ambiente aos alunos de farmácia. Para melhor organização, o CAAF é dividido entre o executivo compoto pela Presidência, sendo representado pelo(a) Presidente e Vice-Presidente(s), Secretaria e Tesouraria, e as diretorias de Assuntos Estudantis, Comunicação e Criação, Esportes, Eventos e Vendas. Citando algumas atividades realizadas pelo CAAF pode-se incluir palestras, visitas técnicas, mini-cursos, venda de produtos exclusivos, festas, treinões e outras realizações diretamente do CAAF para os alunos, quanto como atividades acadêmicas em auxílio aos alunos e intermédio entre a Coordenação de Farmácia e os respectivos Representantes Discentes.